Badanie mikrobiologiczne jest podstawowym narzędziem diagnostycznym, szczególnie przydatnym w chowie i hodowli wielkotowarowej. To dzięki niemu możliwe jest ustalenie przyczyny zachorowań oraz sposobu postępowania: leczenia, w tym doboru leku, profilaktyki oraz szczepień, a także prognozowanie co do rokowania.
Dzisiaj trudno sobie wyobrazić by lekarz na fermie drobiu czy świń rozpoczął leczenie bez badań laboratoryjnych (mikrobiologicznych). Co ciekawe, badania mikrobiologiczne, które są niemal obligatoryjnie wykonywane u wymienionych wyżej gatunków zwierząt, nie jest już tak popularne w przypadku bydła, choć jest to jedyna obiektywna metoda pozwalająca na wdrożenie racjonalnego leczenia.